Pemilihan Antibodi untuk Housekeeping Protein pada Aplikasi Western Blot

Gambar 1. (a) Prinsip Western Blot (b) Hasil band protein alpha-Tubulin pada Western Blot

Analisis Western Blot adalah teknik dasar yang populer dan banyak digunakan untuk deteksi, karakterisasi  dan mengukur level ekspresi protein selama beberapa dekade terakhir. Dengan menggunakan Western Blot, peneliti dapat mengidentifikasi protein secara spesifik dari berbagai protein yang ada di dalam sel¹. Berdasarkan teknologi terkini untuk mendapat data Western Blot yang kuantitatif maka nilai intensitas pita digunakan untuk memperlihatkan level ekspresi protein target pada sample yang kompleks.

Untuk mengukur level ekspresi protein target, kita membutuhkan strategi normalisasi yang akurat dan reliable/terpercaya dalam eksperimen kita. Normalisasi dapat dilakukan dengan membandingkan data target protein dengan House-keeping protein. House-keeping protein yang umum digunakan sebagai normalisasi adalah protein yang dikode oleh housekeeping gene, seperti GAPDH, β-tubulin dan β-actin. Protein-protein tersebut sering digunakan oleh peneliti sebagai cara normalisasi house-keeping protein karena level ekspresi protein tersebut stabil di dalam sel. Dengan menghitung rasio protein target terhadap House-keeping protein akan mengoreksi variabilitas dalam sample. Akurasi proses normalisasi sangat penting untuk mendapatkan data kuantitatif sehingga menjadi data yang dapat terpublikasi dengan baik.

Elo Karsa Utama merupakan distributor dari brand R&D Systems, yang memiliki antibody dengan kualitas terbaik yang telah digunakan oleh banyak peneliti untuk menghasilkan data yang reproducible dan reliable/terpercaya selama 30 tahun publikasi untuk berbagai aplikasi, salah satunya adalah Western Blot. R&D Systems juga melakukan in-house antibody development and validation yang memungkinkan pengembangan antibodi secara cepat dengan data yang valid dan transparan karena telah semua telah diuji sebelum sampai ke tangan peneliti. Penelitian Mahmood and Yang (2012) dan Lee at al. (2016) membahas tentang beberapa jenis housekeeping protein yang umum dijadikan sebagai loading control pada eksperimen Western Blot dan R&D Systems mengakomodir antibodi primer terhadap list housekeeping protein yang disebutkan pada Tabel 1. Untuk lebih jelas tentang antibody untuk house-keeping protein, dapat dilihat disini (http://elokarsa.com/product/antibody-for-house-keeping-protein/)

Gambar 2. (a) R&D Systems Antibody (b) Antibody R&D Systems menghasilkan data yang reproducible walaupun digunakan setelah 30 tahun (c) R&D Systems melakukan In-house Antibody Development & Validation

Referensi

1. Mahmood, T. and Yang, Ping-Chang. 2012. Western Blot: Technique, Theory, and Trouble Shooting. North American Journal of Medical Sciences; 4(9): 429-434.
2. Lee, H.G., Jo, J., Hong, H.H., Kim, K.K., Park, J.K., Cho, S.J. and Park C. 2016. State-of-the-art housekeeping proteins for quantitative western blotting: Revisiting the first draft of the human proteome. Proteomics; 16 (13): 1863-7
3. Eaton, S., Roche, S., Llvero Hurtado, M., Oldknow, K., Farquharson, C., Gilingwater, T. and Wishart, T. 2013. Total Protein Analysis as a Reliable Loading Control for Quantitative Fluorescent Western Blotting. PLoS One; 8 (8): 72457
4. Ghosh, R., Gilda, J.E. and Gomes, A.V. 2014. The necessity of and strategies for improving confidence in the accuracy of western blots. Expert Rev Proteomics; 11(5): 549-560.
5. Aldridge, G.M., Podrebarac, D.M., Greenough, W.T., and Waller, I.J. 2008. The use of total protein stains as loading controls: an alternative to high-abundance single protein controls in semi-quantitative immunoblotting. J Neurosci Meth 172(2): 250-54