Deteksi Coronavirus Menggunakan Teknik Real-Time PCR dengan AriaMx (Agilent)
Merebaknya penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh Virus 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) ke 118 negara sudah dinyatakan sebagai pandemi global oleh WHO. Gejala Covid-19 ini baru terlihat pada penderita setelah beberapa hari inkubasi, seperti batuk, demam, atau infeksi saluran pernapasan. Bahkan, orang yang mungkin tidak menunjukkan gejala namun membawa virus tersebut, dapat menularkannya ke orang lain. Hal ini mendesak para ahli medis untuk mendeteksi virus Corona ini lebih cepat lagi sebelum tanpa sadar tertular ke orang lain.
Salah satu cara untuk mendeteksi virus Corona (2019-nCov) ini menggunakan deteksi berbasis molekuler biologi yaitu real-time Polymerase Chain Reaction (Real-Time PCR) atau PCR secara kuantitatif. Teknik ini dapat mendeteksi keberadaan materi genetik yang diinginkan (dalam kasus ini, materi genetik virus Corona) pada sampel dan memonitor perbanyakannya apabila terdapat materi genetik tersebut.
Alat AriaMx Real-Time PCR System dari Agilent (USA) merupakan sistem dari amplifikasi (perbanyakan materi genetik), deteksi, sampai analisa data untuk 96 sampel. Dengan desain modular dari optik pembacanya mempermudah pengguna untuk memilih optik sesuai dengan kebutuhan dan mengakomodasi penambahan optik ke depannya apabila diperlukan. Optical cartridge yang tersedia yaitu SYBR/FAM, ROX, HEX, CY3, CY5, dan ATTO425.
Sumber cahaya dari optical cartridge AriaMx menggunakan 8 lampu LED yang spesifik terhadap pewarna untuk setiap optiknya. Alat yang terbuka untuk semua reagen ini dapat melakukan pembacaan 6 optik sekaligus dalam waktu 3 detik serta dapat mendiagnosa sistem dari AriaMx untuk pengecekan uji fungsi alat. Alat ini juga sudah terkalibrasi sehingga dapat langsung digunakan tanpa perlu dikalibrasi ulang di pengguna.
Analisa data AriaMx menggunakan free software yang intuitif sehingga mempermudah pengguna untuk menganalisa data dari berbagai aplikasi seperti analisa ekspresi gen secara kuantitatif dan kualitatif, analisa miRNA, pemetaan genetik, fingerprinting, kuantifikasi DNA library Next Generation Sequencing (NGS), analisa High Resolution Melting (HRM), dan kuantifikasi patogen. Proses real-time PCR menggunakan AriaMx Real-Time PCR dan reagen Brilliant III SYBR Green qPCR Master Mix (Agilent) hanya membutuhkan waktu 42 menit saja.
