Bleach atau cairan pemutih biasanya digunakan sebagai larutan pembersih untuk berbagai alat-alat hingga ruangan laboratorium. Namun apakah bleach sudah cukup aman sebagai reagen dekontaminasi untuk laboratorium Anda?
Bleach sebagai reagen dekontaminan, ya atau tidak?
Bleach umum digunakan sebagai reagen dekontaminasi. Bleach biasanya mengandung 3-6% sodium hipoklorit (NaClO) dan umum digunakan terutama untuk laboratorium sebagai agen dekontaminan. Bleach biasanya digunakan untuk membersihkan area kerja, beberapa peralatan besar seperti BSC, sentrifuge, dan terutama sampel itu sendiri. Meskipun demikian, kontaminasi silang tetap mungkin terjadi, terutama pada laboratorium yang banyak mengerjakan pengujian molekuler dan banyak melakukan Analisa PCR. Penggunaan bleach sebagai salah satu agen dekontaminan perlu diperhatikan karena bleach memiliki efek yang kurang diharapkan seperti, penggunaan bleach bersifat korosif dan iritan, serta jika tidak diencerkan bleach akan korosif terhadap baja stainless dan metal, pada beberapa kasus, bleach bahkan dapat menyebabkan lubang pada permukaan metal.
Bleach juga dapat menghambat proses PCR. Sebuah penelitan yang dilakukan McCord, et al. menunjukkan darah forensic yang terkontaminasi bleach, hasil amplifikasi menunjukkan hasil parsial, disebabkan karena genomic DNA yang terdegradasi secara parsial (kehilangan loci dan allel). Pada studi yang dilakukan oleh Riley, et al. bleach juga diketahui dapat menyebabkan alterasi pada sekuens DNA. Pada studi ancient DNA, pengerjaan yang menggunakan bleach pada protokol pengerjaannya menunjukkan frekuensi konversi Cytosine ke Thymine yang lebih sering. Konversi ini diketahu dari frekuensi dan posisi pembacaan relatif pada substitusi cytosine ke thymine pada posisi pembacaan sekuens yang sejajar. Hasil ini menunjukkan bahwa penggunaan bleach pada riset ancient DNA harus diminimalisir untuk menghindari perubahan sekuens DNA sampel.
Elektroferogram menunjukkan DNA yang diamplifikasi dari sampel darah yang tidak diberikan perlakuan (atas), diberikan perlakuan hydrogen proksida (tengah), dan diberikan perlakuan bleach (bawah) (McCord, et al.)
Warna biru tua: specimen tanpa peralkuan, mengandung human mtDNA; biru muda: specimen direndam dalam bleach selama 5 menit; kuning: specimen direndam dalam bleach selama 15 menit. Gambar diambil dari data Riley, et al.
Berdasarkan hasil penelitian di atas, dapat dikatakan bleach memiliki beberapa kekurangan, diantaranya:
- Kontributor pontensial terhadap degradasi DNA sampel
- Salah satu penyebab perubahan sekuens DNA
- Degradasi pewarna fluorescent akibat ‘asap’ bleach
- Korosi metal pada peralatan laboratorium
Oleh karena beberapa alasan di atas, penggunaan bleach sebagai agen dekintaminasi perlu juga diperhatikan.
DNA AWAY dan RNASE AWAY sebagai reagen dekontaminan
Produk DNA AWAY dan RNASE AWAY telah diuji pada kelompok berbeda dan digunakan sebagai alat kontaminasi di laboratorium. Telah dibuktikan melalui eksperimen, bahwa reagen dekontaminasi RNASE AWAY efektif dalam mendegradasi kontaminan produk PCR dan genomik DNA. DNA AWAY didesain untuk menghilangkan DNA yang tidak diharapkan pada permukaan laboratorium tanpa mempengaruhi proses amplifikasi PCR.
Sebuah eksperimen lain menunjukkan, perbandingan saat sarung tangan laboratorium disemprot dengan menggunakan bleach dan menggunakan reagen RNASE AWAY. Saat pengerjaan molekuler, sarung tangan laboratorium biasanya dibersihkan secara berkala menggunakan agen dekontaminasi, namun bleach ternyata dapat meninggalkan partikel pada sarung tangan laboratorium yang dapat mengering pada sarung tangan dan dapat masuk ke dalam tabung PCR secara tidak sengaja dan dapat menghambat proses kerja PCR.
Dalam eskperimen ini, dua pasang sarung tangan laboratorium disiapkan, dan satu pasang disemprot dengan RNASE AWAY dan satu pasang lagi dengan bleach 8,25%. Setelah dikeringkan, sarung tangan yang disemprot dengan bleach menunjukkan adanya bubuk-bubuk putih gloves dan sangat terlihat saat dikumpulkan pada petri, sedangkan sarung tangan yang disemprot dengan RNASE AWAY tidak ada sisa residunya.
Sisa residu pada sarung tangan ini menunjukkan bahwa permukaan yang dibersihkan dengan bleach akan terdapat residu pada permukaannya, oleh karena itu pembersihan dengan menggunakan bleach direkomendasikan untuk pembilasan dengan air. Penggunaan DNA dan RNASE AWAY tidak akan menimbulkan residu dan tidak perlu dibilas dengan air.
Kenapa harus menggunakan DNA AWAY dan RNASE AWAY?
Reagen DNA AWAY dan RNASE AWAY secara efektif dapat mengeliminasi DNA eksogenus dan molekul RNA tanpa merusak peralatan laboratorium, reagen, dan consumables. Dalam riset diagnostic dan laboratorium, kontaminasi DNA eksogenus ataupun RNA harus dihindari untuk menghindari hasil yang keliru. Reagen DNA AWAY dan RNASE AWAY telah terbukti efektif menghilangkan kontaminan DNA dan inhibitor PCR, selain itu, kedua reagen ini juga tidak korosif, dan tidak mengandung asam kuat dan DEPC, sehingga lebih aman bagi penggunanya. Reagen DNA AWAY dan RNASE AWAY juga dapat langsung digunakan tanpa perlu percampuran terlebih dahulu, juga tidak meninggalkan residu sehingga tidak perlu dibilas lagi. DNA AWAY dan RNASE AWAY juga telah menjadi reagen dekontaminasi yang direkomendasikan oleh Center of Disease Control and Prevention (CDC), Houston Forensic Science Center, dan Laboratorium Toksikologi Lingkungan di Universitas Sakatchewan, semua berlokasi di Amerika Serikat.
Sumber:
Riley, A. (2019). Bleach-Based Decontamination Treatment and Cytosine Deamination in Contaminant DNA. [Masters Theses, University of Tennesse]. Tennessee Research and Creative Exchange. https://trace.tennessee.edu/utk_gradthes/5499/.
McCord, B., Opel, K., Funes, M., et al. 2011. An Investigation of the Effect of DNA Degradation and Inhibition on PCR Amplification of Single Source and Mixed Forensic Samples. US Department of Justice Document No. 236692. Award No. 2006-DN-BX-K006.
Link produk yang mungkin Anda sukai:
